目前，轨道交通2号线日均有10万客流，由于观光的市民还比较多，现在的客流还不能够说是一种常态，但地铁2号线成功抵御了两次暴雨影响，也在一天内应对了21万客流。按照规划，2号线日均输送能力为30.5万人次，运输能力超过客流预测，可以满足市民的出行需求，目前的客流量不需要加开班次。

东莞市轨道公司的20辆列车没有全部投入运行，平峰时段里，行车间隔约为10分钟，上线列车为12列，含2列备用列车，高峰时段里，行车间隔约为8分钟，上线列车增加到15列，包含1列备用列车。市轨道公司的备用车放在虎门和鸿福路，可以缩短运营间隔，保证准点率。

结合东莞实际，2号线开通试运营后，市轨道公司将工作日7：00-9：00、17：00-19：00定义为高峰时段，其他时段为平峰时段，把双休节假日11：00-20：00定义为高峰时段，高峰时段行车间隔约8分钟，平峰时段间隔约10分钟。经过10天正式运营，这种设计比较合理。